L’organo venne inizialmente costruito per la chiesa dell'Albergo dei Poveri di Genova, fu completato nel 1688 da Tomaso I Roccatagliata. Nel 1861 venne acquistato dalla Confraternita di Nostra Signoria del Suffragio. Durante i secoli ha subito diversi interventi di manutenzione, senza però perdere il suo materiale fonico originale. Secondo le attuali ricerche archivistiche, si tratta dell’organo datato più antico conservato in Liguria. A Santa Margherita Ligure, la tradizione organaria ha radici profonde, e gli organisti locali sono custodi di un'arte che affonda le sue origini nelle famiglie Roccatagliata, Ciurlo e De Ferrari, la prima attiva già dal XVII secolo in Liguria. Queste famiglie, che trovarono sede per la propria attività in questo porto del golfo, mandarono avanti la tradizione organaria sammargheritese fino ai primi vent’anni del 1900 lasciando diverse testimonianze in varie località.